Oryginały i kopie faktur oraz ich korekt należy przechowywać do momentu upływu terminów przedawnień zobowiązań podatkowych. Dokumenty te należy przechowywać w takiej postaci, w jakiej powstały. Jeśli zostały sporządzone w postaci papierowej, to w tej postaci powinny być również przechowywane przez cały wymagany okres ich archiwizowania (np. faktury VAT wystawione w formie papierowej nie mogą być przechowywane w postaci elektronicznej). Wszystkie faktury przesłane w formie elektronicznej powinny być przechowywane w postaci cyfrowej.
Nie można zatem faktury elektronicznej wydrukować i skasować oryginalnego pliku elektronicznego. E-faktura musi zachować rodzaj formatu, w którym została przesłana (tak, żeby zagwarantować autentyczność jej pochodzenia i integralność treści oraz - co jest niezwykle ważne - jej czytelność przez cały okres przechowywania). Nie można takiej faktury w żaden sposób modyfikować, dzielić czy poprawiać.
Cyfrowe faktury przechowuje się w sposób umożliwiający natychmiastowy i pełny dostęp do nich drogą elektroniczną (np. na żądanie organów podatkowych). Podatnik musi w tym zakresie zadbać o możliwość ich wydruku i zapewnienie prawidłowej czytelności. E-faktura powinna zawierać te same informacje, co faktura papierowa, czyli: potwierdzenie i datę dokonania sprzedaży, podstawę opodatkowania, stawkę i kwotę podatku, cenę jednostkową bez podatku, kwotę należności, dane dotyczące nabywcy i podatnika.
Faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej, pod warunkiem zapewnienia odpowiedniego poziomu bezpieczeństwa tego procesu. Sposobem na zagwarantowanie autentyczności pochodzenia dokumentów oraz integralności ich treści jest posługiwanie się tzw. podpisem elektronicznym, weryfikowanym za pomocą kwalifikowanego certyfikatu bezpieczeństwa. Szerzej na temat e-podpisu poniżej.